26 декабря 2003 года с целью контроля качества вина был создан специальный фонд, одним из учредителем которого стал «Самтрест», а затем в апреле 2006 года «Самтрест» создал специальную лабораторию вина. В оснащении лаборатории и тренингах персонала существенную помощь оказало Общество технического сотрудничества Германии. Появление этой лаборатории позволило контролировать качество вина и других алкогольных напитков современными технологиями, что значительно повысило качество грузинского вина.
В правительстве считают, что, исходя из функций «Самтреста», его участие в фонде, который является учредителем ООО «Лаборатория вина», мешает «Самтресту» полноценно и непредвзято проводить государственную политику в этой сфере и решать поставленные положением задачи, поскольку «Самтрест» обязан осуществлять контроль качества алкогольной продукции и в том числе проверять правильность заключений «Лаборатории вина», учредителем которой является сам.